Construit en 1997, ce musée se trouve dans l'une des plus belles régions archéologiques d'Assouan, sur une haute colline à proximité du Nilomètre.

Son architecture de caractéristique nubienne a été inspirée des tombes pharaoniques.. Le musée a obtenu le prix de meilleur bâtiment architectural du monde en 2001.

Le musée se compose de trois étages :

Le rez-de-chaussée qui comprend une salle principale pour l'exposition des laboratoires de la restauration, des ateliers, des dépôts pour les monuments, un centre de réception et un théâtre ouvert.

Le 1^er étage comprend l'entrée principale, une salle d'exposition, une salle de conférences, une salle aux grands visiteurs, des chambres de sécurité et d'administration et une chambre au directeur général des musées.

Le 2^ème étage comprend une cafétéria, une bibliothèque, un musée, des chambres de photographie et de microfilms, une chambre pour la gestion du musée et une pour les services.

Le musée s'étend sur une superficie de 50 mille m² dont 7 mille m² au bâtiment du musée et 43 mille m² au site extérieur et à l'exposition en plein air.

La moitié de la superficie consacrée au bâtiment est consacrée à des salles d'exposition muséologique intérieure. L'autre moitié est consacrée aux dépôts, à la restauration, à la gestion des recherches, à l'administration et aux services publics.
Le musée de la Nubie à Assouan est l'un des principaux musées égyptiens, car il est ouvert et exceptionnel en son genre.

Le musée nubien joue un rôle vital non seulement par son exposition du patrimoine de cette région, ni par sa sauvegarde des monuments et leur exposition de façon appropriée, mais surtout par son soutien aux diverses recherches effectuées par les étudiants et les chercheurs de tous les coins du monde sur la région de la Nubie, à travers les centres de documentation et des études qui se trouvent dans le musé et par sa publication davantage d'informations con-cernant « la terre de l'or » d'Egypte dans le passé, le présent et l'avenir.

Le musée de la Nubie rend immortels toute l'histoire et tous les arts de la Nubie par ses statues, ses sculptures, ses gravures, ses momies, ses stèles commémoratives, ses dessins muraux exposés dans 17 sites dont le site des pays de la Nubie, l'écologie nubienne, la naissance de la vallée du Nil, l'époque préhistorique, la civilisation de l'époque moderne, l'époque des pyramides, l'époque moyenne de la Nubie, le royaume nubien de Koch, le prolongement civilisateur égyptien en Nubie, la 25^ème dynastie, le royaume de Marwa, l'époque tardive, la Nubie chrétienne, la Nubie islamique, la région de l'irrigation, la campagne internationale de sauvetage des monuments de la Nubie et finalement le patrimoine populaire.

Le musée comprend à l'intérieur 15 mille pièces antiques représentant les étapes d'évolution de la civilisation égyptienne et du patrimoine de la Nubie.

 L'exposition extérieure comprend 68 pièces exceptionnelles, de grandes statues et des stèles archéologiques de diverses dimensions.

On remarque spécialement l'exposition d'un squelette humain remontant à 200 mille ans, découvert en 1982 dans la région Idkobateya à Assouan.