كان الضعف الذى دب فى الخلافة الفاطمية فى القاهرة مثار طمع الصليبيين فى الإستيلاء على مصر ، مما إضطر الوزراء الفاطميين طلائع بن رزبك ثم ابنه ثم من بعدهما شاور إلى اللجوء إلى حاكم الشام القوى " نور الدين محمود بن زنكى " للاستعانة به فى صد الصليبيين فأرسل لهم أحد قواده وهو أسد الدين شيركوه ومعه ابن شقيقيه " صلاح الدين يوسف بن أيوب" اللذين تمكنا من هزيمة الصليبيين عند الأسكندرية بخطة حربية بارعة فى 562هـ/1167م . وعقدت معاهدة بين شيركوه وشاور عاد على أثرها شيركوه إلى الشام ، ولكنه ما لبث أن عاد مرة أخرى ومعه صلاح الدين بناء على استغاثه الخليفة الفاطمى " العاضد" ولكنه فى هذه المرة لم يغادر مصر وبقى فيها .

وكانت مكافأة الخليفة الفاطمى " العاضد" الشيعى المذهب " لأسد الدين شيركوه" السلجوقى السُنى المذهب أن قلده الوزارة . ولكن شيركوه لم يعمر طويلا فورثه فى الوزارة صلاح الدين بن أيوب الذى بدأ أعماله بالانتصار على الفنرجة فى دمياط .

ولم يدم ذلك الأمر طويلا فقد مات الخليفة العاضد فاستولى صلاح الدين على قصره وسقطت الدولة الفاطمية فى مصر واستمر حكم بنى أيوب لمصر ( والشام واليمن ) حوالى 82 سنة .

- الملك الناصر صلاح الدين أبو المظفر يوسف بن أيوب من 567هـ/1171م . إلى أن توفى فى 589هـ/1192م .
- الملك العزيز عماد الدين أبو الفتوح عثمان بن صلاح الدين أيوبى من 589هـ/1192م . إلى أن توفى فى 595هـ/1198م .
- الملك المنصور ناصر الدين محمد بن العزيز بن صلاح الدين الأيوبى : تولى مصر من 595هـ/1198م إلى 596هـ/1200م و كان عمره تسع سنوات وتولى المسئولية عنه بهاء الدين قراقوش الأتابك ولكن عمه الملك الأفضل على بن صلاح الدين الأيوبى أخذ منه جميع السلطات ثم أنهزم أمام العادل القادم من دمشق .
- الملك العادل سيف الدين أبو بكر : تولى مصر من 596هـ/1200م وحكم لمدة 19 سنة إلى أن توفى فى 615هـ/1218م .
- الملك الكامل ناصر الدين محمد بن العادل : تولى مصر من 615هـ/1218م إلى أن توفى فى 635هـ/1238م . وكان أول من سكن القلعة التى شرع فى بنائها صلاح الدين .
- الملك سيف الدين أبو بكر بن الكامل محمد : تولى مصر من 635هـ/1238م لمدة سنتين وتوفى فى 637هـ/1240.
- الملك الصالح نجم الدين أبو الفتح أيوب بن الكامل محمد : تولى مصر من 637هـ/1240م لمدة 9 سنوات وتوفى فى المنصورة فى 647هـ/1249م .
- الملك توران شاه بن الصالح نجم الدين : تولى مصر لمدة شهرين فقط فى 648هـ/1250م . وتولى السلطنة ولم يسكن القلعة وقتله مماليك أبيه
- عصمت الدين أم خليل شجرة الدر زوجة الصالح نجم الدين الأيوبى من 648هـ/1250م حوالى 80 يوما وكانت شجرة الدر أرمنية الأصل على جانب من الذكاء والجمال بعثها الخليفة العباسى " المستعصم بالله" من بغداد الى نجم الدين أيوب فى القاهرة. فجعلها فى حريمه ، ولما أعتلى نجم الدين أيوب عرش السلطنة الأيوبية فى مصر أعتقها وتزوجها. وتولت عرش السلطنة أو أنها تولت مقاليد الحكم بعد موت زوجها نجم الدين أيوب ثم مقتل أبنه توران شاه . وقد لُقبت بعدة ألقاب من بينها " الملكة عصمت الدين شجرة الدر" ودعى لها على المنابر " بملكة المسلمين والدة الملك خليل " .
- ولما علم الخليفة العباسى فى بغداد " المستنصر بالله" بتوليها السلطنة غضب على أهل مصر وكتب إليهم بأن يولوا عليهم رجلاً منهم أو يرسل لهم من يصلح للحكم إن لم يجد بمصر من يصلح له . وأضطرت شجرة الدر إلى التخلى عن الحكم لزوجها عز الدين أيبك بعد أن حكمت مصر ثمانين يوما .