يتكون المتحف من 6 قاعات عرض، ويبدأ بقاعة «المدخل» التي تضم قعدة تمثال الملك زوسر الثاني، والتي نُقش عليها اسم ايمحتب وجميع ألقابه، وهذه أول وأخر مرة يُكتب اسم مهندس معماري على تمثال خاص بملك فرعوني، بالإضافة إلي وجود‏ أربع‏ لوحات جرافيك تستعرض فن العمارة قبل وبعد إيمحتب.

ويضم المتحف قاعة «بعثات سقارة» التي تعرض عرض نتائج البعثات المصرية والأجنبية في سقارة، وقاعة «العمارة» تعرض العناصر المعمارية الخاصة بالمجموعة الجنائزية للمك زوسر الثاني، وذلك بهدف اظهار روعة المعمار الهندسي الذي قام به ايمتحب.

كما يعرض داخل نفس القاعة تمثال من البرونز للمهندس ايمحتب يظهر حليق الرأس ويرتدي قلادة وفي يديه بردية، وقاعة «طرز سقارة» تحكي عن تميز منطقة آثار سقارة عن باقي المناطق الآثرية من تواجد التماثيل الخشبية المتميزة، تماثيل حجرية، أواني، وهي تعد كمدرسة خاصة تتميز بها سقارة.

هناك قاعة «مقابر سقارة» هي تضم نموذج لمقبرة تضم أقدم مومياء ملكية خاصة بالملك «مرنرع» ابن الملك بيبي الأول، وقد تم العثور عليها في غرفة دفن الملك في جنوب آثار سقارة.

ومن أهم القطع الآثرية الموجودة في المتحف لوحة الملك أوناس أو ونيس أخر ملوك الأسرة الخامسة وهي تسمى لوحة «المجاعة»، والتي تحكي عن قصة ارسال جيش لجلب أحجار خاصة بالملك أوناس، وقد كانت الرحلة في الصحراء، وقد قابلوا مجموعة من البدو يعانون من مجاعة، وقد تم ابلاغ الملك بقصة هؤلاء البدو، وقد أمر الملك ارسال لهم الأكل، وقد أمر الملك بتجسيد تلك القصة إلى الشعب على نقش حجري، للتأكيد أن الملك عطوف ورحيم.كما يضم المتحف قاعة «مكتبة لوير» هي مكتبة خاصة بعالم المصريات«جان فيليب لوير» الذي كرس حياته لترميم مجموعة زوسر الهرمية لمدة70 عامًا، وهي تضم أكثر من 300 كتاب ومتعلقاته الشخصية من الكاميرا، البوصلة، والصور الفوتوغرافية، كما توجد لوحات جرافيك تتحدث عن لوير وأعماله بسقارة‏.‏

كما توجد أخيرًا قاعة «التهيئة المرئية»التي يتواجد بها نموذج مصغر لهرم زوسر ومجموعته الجنائزية، وعرض سينمائي يشرح منطقة آثار سقارة وأهميتها وأخر الاكتشافات الآثرية.