Les relations entre les deux pays ont commencé dans la période précédant l'indépendance du Kenya, au cours de la présidence de Gamal Abdel Nasser, par le soutien du mouvement Kenyan Mau Mau, 
à travers une Campagne médiatique et diplomatique Contre l'occupation britannique du Kenya.
Le Caire a été la première capitale à ouvrir ses portes aux dirigeants nationaux kenyans afin de leur fournir toute assistance possible pour revitaliser leur mouvement à l'intérieur du Kenya. Au cours de la dernière décennie, l'Egypte a poursuivi sa politique de soutien au Kenya, ayant fourni l'assistance nécessaire en temps de crise et de catastrophes naturelles, telles la sécheresse et les inondations.

Assistance  égyptienne au Kenya :

Le Fonds égyptien pour la coopération technique avec les Etats africains   relevant du ministère des Affaires étrangères a fourni une aide alimentaire au Kenya pour faire face aux effets de la sécheresse en  août 2011, précédée par une autre en février 2009. Le Fonds a de même envoyé au Kenya de nombreux experts.

Assistance  médicale
Le  11/01/2015, le ministre des Affaires  étrangères, Sameh Shoukry, a visité  l'hôpital national Kenyatta  où il fut reçu  par le ministre  kenyan de la Santé  et le  directeur de l'hôpital. Il y  présenta le don de l'Egypte à l'hôpital offert par l'Agence  égyptienne de partenariat pour le développement, comprenant quatre unités de dialyse et une unité d'endoscopie du foie, dont la contribution sera efficace quant au développement du service de santé de l'hôpital. 

Stages de formation
Le Fonds égyptien pour la coopération technique avec les pays africains a invité chaque année  des stagiaires du  Kenya à  tous les programmes de formation, depuis 01/07/2009 jusqu'à 2012, (38 stagiaires y ont participé).