L'ex-Président  et le Guide de la révolution El Fateh, le frère colonel Mouammar Kadhafi, sont liés par des relations fraternelles forgées au fil des années. Leur entretien au Maroc en 1989 lors de la conférence du Sommet Arabe, a constitué un tournant important dans l'histoire des relations entre les deux pays, ainsi les visas d'entrée des citoyens des deux pays ont été annulés.

Cette amélioration significative des relations a mené à la signature de dix accords organisant les différents domaines de coopération en 1991, d'où l'inauguration du bureau de suivi des relations égypto-libyennes à Tripoli en 1992 présidé par l'ambassadeur Mostafa el Chazli.

En 1992, une entreprise a été établie pour le commerce et l'investissement entre les deux pays, avec un capital de 50 millions LE., des accords commerciaux et de transport ont été signés, reprenant ainsi les relations entre les deux pays au début des années quatre-vingt-dix. Dès lors, les étroites relations entre le Président Moubarak et le colonel Kadhafi reflètent l'essence même des relations.