تختص بالتحقيق في الجرائم التأديبية – المالية والإدارية - اختصاصا أصليًا، كما تختص بالتحقيق مع العاملين المدنيين بالدولة الخاضعين لأحكام قوانين العاملين المدنيين بالدولة والاختصاص بالتحقيق مع العاملين بالهيئات العامة، والعاملين بالجمعيات والهيئات الخاصة التي يصدر بتحديدها قرار من رئيس الجمهورية، والعاملين في شركات القطاع العام أو الشركات التي تساهم فيها الحكومة أو الهيئات العامة بنسبة لا تقل عن 25% من رأسمالها أو تضمن لها حدًا أدنى من الأرباح، وكذا التحقيق مع أعضاء مجالس إدارة التشكيلات النقابية المشكلة طبقًا لقانون العمل وأعضاء مجالس الإدارة المنتخبين طبقًا لأحكام القانون .

أضاف المشرع لاختصاصات النيابة الإدارية اختصاصا خول بمقتضاه للنيابة الإدارية الحق في الطعن في أحكام المحاكم التأديبية أمام المحكمة الإدارية العليا ومباشرة هذه الطعون بوصفها الأمينة على الدعوى التأديبية وبحكم خبرة و دراية أعضائها بقواعد وأحكام التأديب .