Le nouveau chef de l'État ne parvient pas à résoudre les problèmes que rencontre le pays et est vivement contesté, à la fin de l'année 2012, à la suite d'une déclaration constitutionnelle lui conférant la possibilité de légiférer par décret et d'annuler des décisions de justice en cours. Il fait ensuite adopter une modification de la Constitution qui, selon l'opposition, ouvre la voie à des interprétations rigoristes de l'islam et offre peu de garanties pour certaines libertés.

Un an après son arrivée au pouvoir, le président Morsi est massivement contesté par l'opposition qui regroupe diverses factions entre laïcs de gauche, anciens partisans du régime de Moubarak et des groupes révolutionnaires, dont notamment le groupe Tamarod (Rébellion) formé en avril 2013 qui lance une pétition exigeant le départ du président Morsi et obtient plus de 22 millions de signatures. Une partie de la population reproche à Mohamed Morsi une dérive dictatoriale et une politique menée dans le seul intérêt de son organisation, les Frères musulmans. Après des rassemblements massifs dans tout le pays, l'armée, dirigée par le général Abdelfatah Khalil al-Sisi, lance un ultimatum le 1er juillet 2013. Celui-ci est rejeté le lendemain par Mohamed Morsi qui défend sa légitimité en soulignant qu'il a été élu démocratiquement, avec 52% des voix. Cependant, selon des observateurs, l'ultimatum a été lancé dès le mois d'avril 2013, par la coalition des opposants, alors que la situation économique était au plus mal.

 Le 30 juin, des manifestations massives ont lieu dans tout le pays contre le pouvoir et pour la démission du président 16. L'armée estime à « plusieurs millions » le nombre de manifestants anti-Morsi a déclaré à l'AFP une source militaire, qui a ajouté « Il s'agit de la plus grande manifestation dans l'histoire de l'Egypte ». La coalition de l'opposition égyptienne appelle les manifestants à rester dans la rue jusqu'à la démission du régime "dictatorial" du président Morsi, accusé de gouverner au seul profit des islamistes et de laisser l'économie s'effondrer17. Le 1er juillet, plusieurs membres du gouvernement démissionnent.

Le 2 juillet, le parti salafiste Nour lance un « appel salafiste »18 avec trois revendications majeures : la tenue d'élections anticipées, la formation d'un gouvernement technocratique et la formation d'un comité chargé de l'examen des amendements constitutionnels.

Compte tenu de la gravité, de la dégradation de la situation et de la violences qui s'installe entre les "pro et anti-Morsi", malgré le déploiement des forces policières et militaires, le chef d'état-major de l'armée égyptienne donne 48 heures aux forces en conflit pour trouver un accord, à défaut de quoi une « feuille de route » sera imposée par l'armée qui précise « qu'elle ne veut pas s'impliquer dans la politique du pays ou dans le gouvernement »19.

Le 4 juillet 2013, on apprend que Mohamed Morsi est détenu par l'armée et que des mandats d'arrêt sont émis à l'encontre des dirigeants des Frères musulmans, tandis que Adli Mansour prête serment comme président par intérim. Le 5 juillet 2013, le Parlement est dissous.

Le 24 juillet 2013, le général Abdel Fattah al-Sissi, a appelé dans un discours « tous les Égyptiens honnêtes » à lui « manifester leur soutien massif pour en finir avec le terrorisme ».